Una vez en el Portón número 6 del Puerto, en el caso de las exportaciones, el Transportista entrega al funcionario de Aduana (ubicado en ese portón) copia de la Declaración Aduanera, quien transcribe los datos a un orden book; a su vez, el Transportista entrega al personal de seguridad, la copia de la colilla de pago que le fue entregada en el Antepuerto APPI I y se somete a la verificación de la identidad del conductor y placas de camión, así como la inspección en cabina.

Con el visto bueno del personal de Aduana y el oficial de seguridad de APC-EPN, debe circular por la vía habilitada en el patio del Puerto, para descargar del medio de transporte el contenedor con la carga.

Es el oficial de patio de la Terminal de Contenedores, con la boleta única de exportación, le asigna al Transportista el área en la que se va a almacenar la mercancía, quedando a la espera del arribo del buque para su exportación. La selección del área está sujeta al tipo de mercancía, la línea naviera, tipo de contenedor y el buque en el que se va a embarcar. Usualmente la espera de un contenedor en Puerto puede andar entre 1 a 3 días.